Van de ongeveer 5 miljard euro die Nederland in 2004 afdroeg aan de EU is het niet zeker in hoeverre ze juist zijn besteed omdat de Europese Commissie en de Europese Rekenkamer dit inzicht niet bieden. Ook is weinig bekend over de juiste besteding en effectiviteit van Europese subsidies die Nederland zelf heeft ontvangen. De Algemene Rekenkamer vindt daarom dat de lidstaten zélf goede controlesystemen moeten hebben voor Europees geld, en goed verantwoording moeten afleggen over de besteding ervan. De Algemene Rekenkamer juicht de Brusselse plannen toe om nationale lidstaatverklaringen over de bestedingen in te voeren. Maar veel EU-lidstaten hebben hier weerstand tegen. Nederland stelt zich hierover als een van de weinige lidstaten positief op. De Algemene Rekenkamer schrijft dit in haar EU-trendrapport 2006.
De Europese Commissie bepleit dat de lidstaten van de EU betrouwbaarheidsverklaringen gaan afgeven waarin bijvoorbeeld de minister van Financiën verklaart dat de Europese subsidies in zijn of haar land rechtmatig zijn besteed. Voor Nederland zou dat betekenen dat voor de landbouwsubsidies gebruik gemaakt wordt van de informatie van betaalorganen als productschappen en de Dienst Landelijk gebied. Voor het structuurbeleid kunnen beheersautoriteiten, zoals de provincies, informatie leveren over verstrekte subsidies. Vervolgens kunnen de betrokken ministeries deelverklaringen afgeven. De minister van Financiën kan aangeven 'in control' te zijn en stuurt een lidstaatverklaring naar Brussel.
In dit EU-trendrapport heeft de Algemene Rekenkamer ook onderzoek gedaan naar de doelen en resultaten van het EU-beleid in Nederland aan de hand van evaluaties van EU-subsidieprogramma's. Omdat er geen evaluaties beschikbaar waren voor het landbouwbeleid (met uitzondering van plattelandsontwikkeling) hebben we dit buiten
beschouwing gelaten. Van 22 nog lopende programma's (structuurfondsen en intern beleid) zijn de evaluaties wel beoordeeld. Het merendeel van deze programma's bleek geen helder geformuleerde en meetbare doelen te hebben. Verder bleek dat de doelen van Europese programma's vaak niet worden gerealiseerd door bijvoorbeeld manco's in de opzet van het programma of in de selectie van te subsidiëren projecten, of in de uitvoering (te late start, gebrek aan ervaring). Met de doeltreffendheid van het EU-beleid in Nederland is het dus nog niet goed gesteld.
De EU ontving in 2004 95 miljard euro van de lidstaten. De afdrachten van Nederland aan de EU bedroegen 5,2 miljard euro. Nederland ontving 2 miljard euro, waarvan 1,3 miljard euro landbouwsubsidies, 355 miljoen euro uit de structuurfondsen en 337 miljoen euro overige gelden.